微波萃取也是近十年發展起來的新方法。
微波提取的原理是基于微波加熱。樣品中極性分子的偶極矩在高頻電磁波輻射的可變能量場作用下快速振動，使萃取在樣品內部產生的最大摩擦熱下進行。
微波萃取的優點是速度快，樣品熱應力小，有利于熱穩定性低的樣品的萃取。
微波提取需要極性溶劑，所以在需要非極性溶劑時，也需要使用改性劑或混合溶劑進行提取。影響提取效果的因素有溶劑的選擇、提取時間、微波能量等。，特別是樣品中的水含量對萃取有很大的影響。一次萃取還是多次萃取要看具體的實驗條件，比如長時間的微波作用是否會導致溶劑的沸騰或者萃取管內壓力升高的負面影響。然而，在大多數情況下，多次微波輻射的方法取得了良好的效果。
微波提取的設備與早期微波消解的設備相同。早期的微波消解用于無機分析，是為了在有機物存在的情況下排除有機物的干擾，從而準確地定量分析無機元素。
然而，除了消化，這種裝置還可以用于提取，蛋白質水解，濃縮，干燥，化學反應等操作。利用該裝置通過微波水解蛋白質，可以使被檢測的靶標很容易地從蛋白質中解離出來，從而增加靶標的提取量。
提取管是密封的，其提取效率明顯優于開放式提取管。為了提高提取效果，可以增加超聲波功能，用超聲波功能代替機械攪拌，據說可以明顯提高提取量。