首先，兩者的作用不同:
1.潔凈工作臺的作用:空氣被風機吸入前置過濾器，通過靜壓箱被高效過濾器過濾，過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態送出，使作業區達到100級潔凈度，保證生產中環境潔凈度的要求。
2.生物安全柜的作用是凈化空氣的箱式負壓安全裝置，防止實驗操作過程中一些危險的或未知的生物顆粒逸出。
其次，這兩個范疇是不同的:
1.潔凈工作臺的分類:主要有兩大類，一是水平層流，二是垂直層流。按操作結構可分為單邊操作和雙邊操作，按用途可分為普通潔凈工作臺和生物潔凈工作臺。
2.生物安全柜的分類:根據NSF49標準，生物安全一級(P1)的介質是指普通無害的細菌、病毒等微生物；生物安全二級(P2)的介質是指一般致病菌、病毒等微生物；生物安全等級為三級(P3)的介質是指具有毒性/致死性的細菌、病毒等微生物，感染后可治愈；
生物安全等級為4級(P4)的介質是指感染后難以治愈的微生物，如劇毒/致命的細菌和病毒。該標準將生物安全柜分為I、II、III級，可適用于不同生物安全級別介質的操作。
第三，兩者的用途不同:
1.潔凈工作臺的用途:潔凈工作臺是一種單向空氣凈化設備，提供局部無塵無菌的工作環境。適用于醫療衛生、生物制藥、食品、醫學科學實驗、光學、電子、無菌室實驗、無菌微生物檢驗、植物組織培養接種等需要局部潔凈無菌工作環境的科研生產部門。
還可以連接成流水線，具有低噪音、可移動的特點。它的使用對改善工藝條件、提高產品質量和增加產量有很好的效果。
2.生物安全柜的用途:廣泛應用于微生物學、生物醫學、基因工程、生物制品等領域的科研、教學、臨床檢驗和生產中，是實驗室生物安全防護屏障中的基本安全防護設備。