分子蒸餾的基本條件:
1.殘余氣體的分壓必須非常低，使得殘余氣體的平均自由程長度是蒸發器和冷凝器表面之間距離的倍數。
2.在飽和壓力下，蒸汽分子的平均自由程長度必須與蒸發器和冷凝器表面之間的距離在同一數量級。
在這些理想條件下，殘余氣體分子的蒸發沒有任何障礙。所有的蒸汽分子到達冷凝器表面，不會遇到其他分子并返回到液體中。蒸發率在該溫度下達到最大值zui。蒸發速度與壓力成正比，所以分子蒸餾的餾出液比較少。
在短距離蒸發器中，冷凝器和加熱表面之間的距離大約為20-250 mm，這取決于設備的尺寸。當殘余氣體的壓力約為10-3毫巴時，殘余氣體分子的平均自由程長度約為兩倍。短蒸發器可以滿足分子蒸餾的所有必要條件。