清潔設備部件
設備的清潔度是保證工作過程中沒有交叉污染的條件之一。所以第二次使用凍干機時，業內說是對設備各部分進行清洗。
不同的零件有不同的清潔條件。比如不銹鋼零件需要用乙醇清洗，有機玻璃需要用生理鹽水清洗，安瓿瓶需要用超聲波清洗機清洗。
冷凍前準備
冷凍干燥前需要預冷凍。預凍需要準備一個零下40℃或者零下80℃的低溫冰箱。將待干燥的物品放入低溫冰箱或液氮中，一般需要四個小時左右。這一過程可以從設備外部直接觀察到。當貨物凍實后，可以進行凍干實驗，貨物可以快速移入凍干機的托盤中，保證凍干效果。
檢查設備的氣密性
凍干機通過綠色真空管與真空泵連接，接頭采用國際標準夾具。為了有效防止漏氣，在這個夾子里特別設計了一個密封橡膠圈。在防止漏氣的方法中，建議在橡膠圈上涂上適量的真空油脂，然后用夾子夾牢，這樣接頭可以貼得更緊密。
如果夾具沒有擰緊，會造成漏氣，導致抽真空時儀表板的數字顯示值大于20pa。此時應檢查真空泵和凍干機玻璃罩的氣密性。
如果氣密性不好，應在冷阱上方的密封膠圈上涂些真空油脂，將有機玻璃蓋輕輕擰在膠圈上，然后打開真空泵測試氣密性。以確保氣體密封的完整性。
真空泵運行前，檢查真空泵油。
凍干機主機右側板上有兩個電源插座。一個把真空泵的電源線接到主機上，然后把第二個凍干機的主電源插到電源上。
真空泵運行前，檢查真空泵油是否添加，否則不能正常運行。油位不應低于油鏡的中心線。真空泵在開始時有很強的抖動，會逐漸變得穩定。
干燥冷阱
除了上述“預熱”準備，業內人士表示，在設備制作前，要注意去除冷阱室內的濕氣，必要時對冷阱進行干燥。每次冷凍干燥操作前打開排水閥。
另外，使用過程中不要頻繁開關。如果冰箱因操作失誤而停止運轉，則無法立即啟動。至少等20分鐘再啟動，以免損壞冰箱。冷凍干燥后，冷阱盤管上的冰會變成水，可以用毛巾擦干凈。凍干結束后，松開“充氣閥”給冷阱慢慢充氣，以免弄壞真空計。