全自動醫用PCR分析系統用于進行實時PCR實驗和分析實驗數據。儀器在相應試劑的幫助下，使待測對象的目標核苷酸在特定溫度下擴增并熔解，通過熒光反映出來。通過對實驗中產生的熒光信號的分析，可以實現對目標核苷酸的定性和定量判斷，或者據此研究目標核苷酸的解鏈曲線和基因分型。
全自動醫用PCR分析系統的工作原理是，標記有熒光基團的探針與未知DNA模板混合后，完成高溫變性、低溫復性和適當溫度延伸的熱循環，遵守聚合酶鏈式反應規律。與未知DNA模板互補的探針被切斷，熒光基團在反應體系中游離，在特定的光激發下發出熒光。隨著循環次數的增加，擴增的目的基因片段呈指數增加，反應體系的熒光強度也相應增加。通過實時檢測相應的熒光信號強度，可以得到Ct值，同時利用已知DNA模板濃度的幾種標準制作的標準曲線，可以對未知的DNA模板進行定量分析， 從而獲得待測樣品中目標基因的拷貝數。
該儀器主要用于臨床實驗室通過熒光聚合酶鏈反應對各種基因進行定性或定量分析。