PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染。實驗室的平面布局、空調通風、系統設計、氣流控制都是圍繞這個核心問題。這些方面將在下面分別解釋。
1、嚴格劃分工作區域
(1)各實驗區設置合理；
(2)每個實驗區都要有明顯的標志(如醒目的門牌號碼或不同的底色等。)避免不同實驗區的設備、物品、試劑混淆。
2.合理的系統設置
(1)合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排風空調系統；
(2)嚴格的氣壓控制，保證了不同實驗區域不同的氣壓要求。
3.標準化操作
(一)臨床基因擴增檢測實驗室的技術人員必須經過崗位培訓，培訓合格后，方可從事臨床基因擴增檢測工作；
(2)在實驗操作過程中，操作者必須戴手套并經常更換。此外，手術中使用一次性帽子也是防止污染的有效措施；
(3)清潔工作及時、正確。實驗結束后，必須立即清潔該區域。除了常規的消毒液擦拭表面或紫外線燈照射消毒外，一些實驗設備還應在高壓下消毒。
4.嚴格管理
(1)嚴格控制人員進出實驗室。與實驗無關的人員不得隨意進出實驗室，有條件時應設置進出整個實驗區的獨立通道和門；
(2)各實驗區應使用有明顯區分標志(如不同顏色)的工作服，工作人員離開時不得將本區域的工作服帶到其他區域；
(3)盡量減少在實驗區不必要的走動，以減少交叉污染的可能性。
(4)擴增產物分析區是擴增產物的主要污染源，廢液不能傾倒在實驗室內，必須經過消毒劑浸泡消毒后丟棄在遠離實驗室的地方，使用過的吸頭等一次性材料也要經過消毒劑浸泡消毒后統一處理，如焚燒；
(5)擴增產物的分析區域可能會用到一些能引起基因突變和毒性的物質，因此要特別注意實驗人員的安全防護。
5、實驗室設施齊全
完備的實驗室設施是保證實驗工作的必要條件，應根據各實驗室不同的實驗內容配備相應的設備和儀器，如潔凈工作臺、離心機、采樣器等。