根據DNA擴增的目的和檢測的標準，PCR儀可分為普通PCR儀、梯度PCR儀、原位PCR儀、實時熒光定量PCR儀等。
2.1常用PCR儀
通常，只能在特定退火溫度下運行進行PCR擴增的PCR儀器稱為普通PCR儀器。
如果要用于不同的退火溫度，需要運行多次。主要用于目的基因退火溫度的簡單擴增。
主要用于科研、教學、臨床醫學、檢驗、檢疫等。
2.2梯度PCR儀
一次PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件(一般為12個溫度梯度)，稱為梯度PCR儀。
由于不同擴增DN片段的適宜退火溫度不同，因此設置一系列梯度退火溫度進行擴增，這樣一次PCR擴增就可以篩選出高表達的適宜退火溫度進行有效擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，省時省錢。
也可作為普通PCR使用，無需設置梯度。真正的梯度是每排管道都有加熱溫控探頭。
梯度PCR儀多用于科研和教學機構。
2.3原位PCR儀
部分品牌的PCR儀器具有普通PCR、梯度PCR、原位PCR功能，通過更換模塊進行多用途實驗。它是一種細胞內基因放大器，用于細胞內靶DNA的定位分析。例如致病基因在細胞中的位置或靶基因在細胞中的位置。它能保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置進行基因擴增。
不僅可以檢測目標DNA，還可以標記目標序列在細胞中的位置。在分子和細胞水平上研究疾病的發病機制、臨床過程和病理轉化具有重要的實用價值。
2.4實時熒光定量PCR (FQPCR)。
在普通PCR儀的設計基礎上，增加了熒光信號激發采集系統和計算機分析處理系統，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。