對于運行中的冷水機組，環境條件和負荷已經成為固定值。此時，冷凝熱負荷也是固定值。規定進出水溫差為5℃，冷卻水量必須是一定值，流量與進出水溫差成反比。因此，冷水機組的運行只需要指定冷卻水的進出口溫差。這種流速通常由進出冷凝器的冷卻水的壓降來控制。在標準工況下，冷凝器進出口水的壓降設定為68.6 kPa(0.7kg/cm:)。
在冷卻水系統的實際運行中，經常有以下幾種誤操作:
(1)開機前，機組上不需要打開的冷凝器進水閥關閉，造成水竄。部分冷卻回水從非啟動機組的凝汽器流出，減少了運行機組凝汽器中的冷卻水流量，導致凝結壓力升高，主機運行電流增大，機組制冷量降低，嚴重的甚至造成機組停機，不僅浪費電力，降低制冷效果，還容易損壞設備。
?、朴捎谥暗恼`操作，主機冷凝壓力和冷卻水出口溫度升高。給操作人員造成錯誤的判斷。誤認為冷卻水量不夠，開啟冷凝器進水閥和冷卻泵出水閥，增加部分冷卻塔風機，導致水泵和冷卻塔風機耗電量增加。
(3)更有甚者，盲目加裝冷卻水泵。雖然增加冷卻水泵確實可以降低冷卻水的溫度和冷凝壓力，但畢竟一臺泵運行的電能是浪費的，所以是錯誤的。
冷卻水系統的正確操作方法是:
(1)開機前，關閉不需要操作的機組冷凝器進水閥，防止水竄。
?、拼蜷_待運行機組冷凝器上的進、出水閥門(一般出水閥門始終開啟，進水閥門根據需要開啟和關閉。冷凝器和蒸發器是一樣的。啟動相應的冷卻水泵。調節冷凝器進出口壓力至68.6kPa (0.7 kg/cm:)(壓降是以克服管道阻力為原則，壓降越低節電效果越好)。
(3)如果冷凝器進、出水壓力表指針擺動過大，說明冷卻水系統中有空氣。必須排出空氣，直到壓力表指示正常才能繼續下一步操作。
(4)運行中，無論啟動多少臺機組，一臺主機一臺冷卻水泵(匹配相同)。