另外，液相色譜所用的儀器、設備和操作條件也與氣相色譜不同，所以液相色譜和氣相色譜有一定的區別。
液相色譜所用的基本理論:塔盤理論和速率方程與氣相色譜基本相同，但由于氣相色譜是用液體代替氣體作為流動相，所以液體和氣體的性質是不同的。
經典液相色譜的流動相靠重力緩慢流過色譜柱，因此固定相的粒徑不能太小(約100微米~ 150微米)。將分離后的樣品分階段收集，然后進行分析，這使得經典的液相色譜法不僅分離效率低、分析速度慢，而且操作復雜。直到20世紀60年代才開發出粒徑小于10μm的高效固定相，并采用高壓輸液泵和自動記錄檢測器，克服了經典液相色譜的缺點，發展成為高效液相色譜，又稱高壓液相色譜。
凝膠色譜
目前，凝膠色譜既適用于水溶液，也適用于有機溶劑。當使用的洗脫液為水溶液時，稱為凝膠過濾層析，在生物學中應用廣泛。當用有機溶劑作為洗脫劑時，稱為凝膠滲透色譜，在高分子領域應用廣泛。