離子交換色譜是一種新發展起來的現代分析技術，已廣泛應用于蛋白質的分析，也適用于一些無機離子(無機陰離子如NO3-、SO42-和Cl-以及無機陽離子如Na+、Ca2+、Mg2+和K+)的分離分析，發揮著非常重要的作用。
離子交換色譜法
離子交換色譜通常使用離子交換樹脂作為固定相。一般來說，樣品離子與固定相離子發生可逆交換，由于各組分離器的交換能力不同而實現色譜分離。
凝膠色譜
目前，凝膠色譜既適用于水溶液，也適用于有機溶劑。當使用的洗脫液為水溶液時，稱為凝膠過濾層析，在生物學中應用廣泛。當用有機溶劑作為洗脫劑時，稱為凝膠滲透色譜，在高分子領域應用廣泛。
分配色譜法
這種色譜的流動相和固定相都是液體，樣品分子在兩個液相之間很快達到平衡分布。這種分離類似于萃取過程，是利用各組分在兩相中分配系數的差異來實現的。
常用的固定劑有β，β’-雙氧(ODPN)、聚乙二醇(PEG400~4000)、三亞甲基二醇(TMG)和角鯊烷(SQ)。使用與氣相色譜相同的方法，將固定液涂在多孔載體表面，但在使用中容易流失。目前，鍵合固定相被廣泛應用。在這種固相中，固定液沒有涂覆在載體的表面上，而是通過化學反應將有機基團結合到純硅膠顆粒的表面上。
例如，可以通過氯十八烷基硅烷和硅膠表面上的羥基(-OH)之間的反應形成烷基化表面。這種固定液的優點是不容易被流動相侵蝕。在分配色譜中，流動相可以是純溶劑，也可以用混合溶劑進行梯度洗脫，其極性應與固定液不同，以避免兩者之間的相容性。